A Gazdasági Versenyhivatalnak és a magyar bíróságoknak az uniós versenyjogot alkalmazniuk kell mindazokra a versenykorlátozó megállapodásokra és erőfölényes visszaélésekre, amelyekre a magyar versenyjogot alkalmaznák (vagy párhuzamosan alkalmazzák is), és amelyek hatással lehetnek a tagállamok közötti kereskedelemre. A tagállamok közötti kereskedelem érintettsége összetett fogalom, amelynek lényege, hogy a magatartás tagállamközi dimenzióban is képes tényleges, potenciális, közvetett vagy közvetlen hatást gyakorolni a versenyre. Ez a hatás megvalósulhat a határokat átlépő piaci tevékenységek tényleges befolyásolásával (pl. export, import tevékenységre vonatkozó megállapodások), vagy a verseny struktúrájának módosításával (pl. a nemzeti piacot lezáró, a kívülről érkező versenyt korlátozó megállapodások, erőfölényes magatartások).
Az összefonódások engedélyezése körében az összefonódással érintett vállalkozások forgalmának küszöbszámokkal való összevetése alapján és az érintett tagállamok számától függően a bejelentett tranzakció engedélyezése az Európai Bizottság vagy a nemzeti versenyhatóság hatásköre, lehetőség van azonban ügyáttétel kezdeményezésére mind a két irányban.
A jogalkalmazás hatékonyságát és egységességét az európai uniós versenyhatóság szerepét betöltő Európai Bizottságból és a tagállami versenyhatóságokból álló Európai Verseny Hálózaton (European Competition Network - ECN) belüli együttműködés segíti.